エンドトキシンはグラム陰性菌の細胞壁表層に存在するリポ多糖体で、溶菌（菌の死）によって細胞から遊離します。グラム陰性菌の種類に関係なく、発熱、血管内皮細胞障害、毛細管透過亢進などの毒作用を示します。エンドトキシンが血液中に進入すると悪寒、発熱、低血圧、傾眠傾向が現れます。エンドトキシンは親水基と疎水基の両方を分子内にもつ物質で水溶液中では種々の会合体を形成しています。分子量は会合体やミセルの形により異なりますが、通常数十万程度と言われています。巨大なミセルを形成するものは107〜108Da※1程度に及ぶことが多いようです。
分子量の大きなエンドトキシンは分画分子量数万程度の限外ろ過膜（UF膜）の活性層によって、また小さな分子量のものは膜の支持層で吸着されて除去されます。
※1Da：エンドトキシンの分子量の単位